Il Lesotho è l'unico paese al mondo il cui intero territorio si trova ad almeno 1.400 metri sopra il livello del mare.

Il Lesotho è dominato dai massicci dei monti Maloti e dei Drakensberg. Oltre l'80% del territorio nazionale si trova sopra i 1.800 metri di quota. La sua vetta più alta, il Thabana Ntlenyana, raggiunge i 3.482 metri, rappresentando il punto più elevato di tutta l'Africa meridionale.L'altitudine estrema rende il clima del Lesotho molto più rigido rispetto alle aree circostanti. La neve è comune durante i mesi invernali (da giugno ad agosto), tanto che il Paese ospita l'unica stazione sciistica dell'Africa subsahariana. Questa elevazione sostiene inoltre specie animali e vegetali endemiche che non si trovano in nessun'altra parte del continente.Storicamente, le montagne hanno funto da fortezza naturale per il popolo Basotho durante i conflitti del XIX secolo. Ancora oggi, gran parte del territorio è difficilmente accessibile in auto; per questo motivo, il pony Basotho rimane un mezzo di trasporto fondamentale per attraversare i terreni rocciosi.Dal punto di vista geologico, il territorio si è formato milioni di anni fa da spessi strati di lava. Nel tempo, l'erosione di acqua e vento ha scavato la roccia creando valli profonde e altipiani. Il Lesotho funge da vera e propria «torre idrica» per la regione, rifornendo il Sudafrica attraverso un imponente sistema di dighe e tunnel.