Стокхолм е разположен върху 14 острова, свързани помежду си от цели 57 моста.

Островите на Стокхолм са се оформили в резултат на процес, наречен постглациално издигане. По време на последната ледникова епоха тежките ледници са притискали земната кора, което е довело до нейното потъване. Когато ледът се е разтопил преди около 10 000 години, сушата е започнала отново да се издига.Земята в Стокхолм все още се издига с около 4 до 5 милиметра всяка година. Това бавно движение е създало островите, които виждаме днес. Градът се намира на мястото, където сладките води на езерото Меларен се вливат в соленото Балтийско море. Повърхността на езерото е с около 0,7 метра по-висока от морското равнище.Инженерите са изградили система от шлюзове, наречена „Слусен“ (Slussen), за управление на водите. Тази система предотвратява навлизането на солена морска вода в сладководното езеро. 57-те моста позволяват на автомобили и пешеходци да пресичат водните басейни, като някои са кратки и каменни, а други достигат дължина над 600 метра.Водата около островите е изключително чиста, което позволява риболов и плуване в самия център на града. Стокхолм е и входна точка към архипелаг от над 24 000 по-малки острова. Учените следят издигането на сушата, за да анализират как се променя бреговата линия с течение на времето.